Nước mắm nhỉ được sản xuất từ hai nguyên liệu chính: cá cơm tươi và muối biển. Trong đó, cá cơm được chọn là cá cơm than đặc biệt chỉ xuất hiện ở vùng biển miền Trung từ tháng 11 đến tháng 4 Âm Lịch. Thời điểm này, cá cơm than tươi rói, con to đều và nhìn vào mắt cá còn trong suốt thì mới tạo nên được vị đặc biệt thơm ngon cho loại mắm nhỉ này. Công thức ủ cá được áp dụng theo tỷ lệ: 3kg cá:1kg muối.